...药用数据库(pubchem,chembl等)的数据提取与使用,pyt..._CSDN博客

来自 : CSDN技术社区 发布时间：2021-03-24

获得104次收藏 荣誉勋章 所有勋章 兴趣领域 #人工智能 #深度学习#算法#神经网络#机器学习#Python#数据分析#前端 #CSS#HTTPS#JavaScript TA的专栏 分子动力学 8篇 windos 小工具使用 6篇 药学软件使用教程 1篇 LINUX 1篇 药用数据库(pubchem,chembl等)的数据提取与使用 13篇 python使用和学习 10篇 最近文章资源问答课程帖子收藏关注/订阅 MMPB/GBSA结合自由能计算以残基贡献度分析 MMPB/GBSA结合自由能计算以残基贡献度分析1.MMPB/GBSA结合自由能计算简介2.输入文件准备2.1 拓扑文件处理2.2 mmpbsa.in的编译运行程序绘图1.MMPB/GBSA结合自由能计算简介在运行完MD之后,毫无疑问需要对其进行分析.其中结合自由能计算就是必不可少的一部分:配体和受体的游离态到结合态之间存在一个能量差,用这个能量差可以衡量两者结合的亲密度.下图是结合MMGBSA的原理,其将结合自由能分为了分子力学能Emm,(范德华力Evdw,静电相互作用Eele),溶剂化自由能(Gs 原创 127阅读 4评论 0点赞 发布博客于 1 月前 迁移windows子系统 迁移wsl子系统window子系统安装问题出现安装使用更多功能自行探索window子系统安装可以按照该指南安装:https://docs.microsoft.com/zh-cn/windows/wsl/install-win10问题出现在经过长期的使用后,由于包装得越来越多.系统文件也越来越多.(C盘爆满),导致我的C盘长期处于红色状态.删除重装实在是太浪费时间,因此查阅得一神器(LxRunOffline)安装直接选择下载latest 我下载的是3.50https://github.com/D 原创 78阅读 0评论 0点赞 发布博客于 3 月前 使用nvm切换nodejs版本 文章目录问题的出现NVM安装与nodejs版本切换1. ==删除电脑内部存在的nodejs 和 nvm 不然会有冲突==2.下载地址与安装3. 安装多版本nodejs问题的出现使用hexo部署网站的时候出现如下错误typeError [ERR_INVALID_ARG_TYPE]: The \"mode\" argument must be integer. Received an instance of Object经查阅是由于nodejs 版本过高不适配造成的,遂涉及一个nodejs版本切换的问题 原创 81阅读 0评论 0点赞 发布博客于 3 月前 药效团模型(pharmacophore model)构建与搜索(MOE2018) 记录一下完整的pharmacophore的过程初始文件复合物晶体结构- PLIF- 药效团序列加载蛋白复合物以及初始设置准备1.读取蛋白文件2.修改背景颜色为白色,修改立场文件3.删除多余链与配体4.调整蛋白结构显示5.蛋白分子的预处理叠合蛋白-配体复合物1.为复合物分配不同的颜色以便于区分2.叠合蛋白-配体复合物3.观察蛋白-配体相互作用4.新建Database并导入蛋白-配体复合物生成PLIF和Pharmacophore Query1.生成PLIF2.生成pharmacophore quer 原创 761阅读 4评论 0点赞 发布博客于 5 月前 根据chembl_id 查询蛋白分类信息 记录笨比上班生活又一天 没啥好说的直接上代码运行效果运行结果没啥好说的直接上代码以一个含有chembl target ID号的表格为起点,输入输入文件地址,chembl_id列名,以及输出文件地址chembl的api 分为多层 chembl_id componen_id protein_id# -*- coding: utf-8 -*-\"\"\"Created on Mon Sep 14 21:52:27 2020@au 原创 190阅读 0评论 1点赞 发布博客于 6 月前 IC50、pIC50、EC50、ED50、Ki、Kd、KD、Ka、Km、Kon、Koff概念辨析 IC50：半抑制浓度(或称半抑制率)，即IC50，对指定的生物过程（或该过程中的某个组分比如酶、受体、细胞等）抑制一半时所需的药物或者抑制剂的浓度。药学中用于表征拮抗剂（antagonist）在体外实验（in vitro）中的拮抗能力。pIC50：pIC50=-log(IC50)EC50：是指在特定暴露时间后，能达到50%最大生物效应对应的药物、抗体或者毒素等的浓度。药学中除了用于表征体外实验中（in vitro）激动剂（agonist）的激活能力外，还可用于表示达到体内（in vivo）最大生物效应. 转载 2189阅读 0评论 2点赞 发布博客于 7 月前 根据SID或者CID下载PUBCHEM数据库的smile信息(总结版) PUBCHEM下载smile使用PUBCHEMbulk download功能把smile列加入到源文件中使用PUBCHEMbulk download功能参见我的一篇博文如何使用pubchem的bulk download功能把smile列加入到源文件中废话少说 上代码# -*- coding: utf-8 -*-\"\"\"Created on Wed Sep 11 10:16:11 2019@author: 86177\"\"\"import osimport pandas as pdimp 原创 772阅读 0评论 2点赞 发布博客于 7 月前 利用Adobe Photoshop 2020导入和批量输出论文中的图片 阅读文献使我快[zhi]乐[xi]1. 导入pdf2. 创建动作1.创建组2.创建并记录动作3.批量导出1. 导入pdf文件 打开 选择文件 图像利用shift +左键选取所需要的图片,点击确定2. 创建动作1.创建组窗口 动作(alt+f9) 上图第四个图标创建组 命名为\"批量操作\"2.创建并记录动作上图第五个图标创建动作 命名为\"批量另存为\" 文件 储存为 自选文件夹 上图的第一个图标停止记录3.批量导出文件> 原创 396阅读 0评论 0点赞 发布博客于 7 月前 AMBER:使用Cpptraj计算RMSD 以及使用中遇到的问题 记录笨比生活又一天输入文件rms.in设置运行cpptraj遇到的问题1.cpptraj不输出结果2.空格的问题Tofirst:[空格]1-249 !@H= firstTofirst[空格]:1-249 !@H= first输入文件rms.in设置parm XXXXX.prmtop #载入拓扑文件trajin XXXX_prod.nc #载入轨迹文件 rms ToFirst :1-13 !@H= first out rmsd2.agrrun运行cpptrajcp 原创 516阅读 1评论 0点赞 发布博客于 8 月前 ubuntu18.04 修改屏幕分辨率 笨比生活的又一天1.查看现有分辨率2.设置新的分辨率模式3.更改分辨率在用实验室服务器的时候,发现一切换分辨率就自动变化了所以查了一下如何更改屏幕分辨率,避免每次都要重启1.查看现有分辨率xrandr结果输出为Screen 0: minimum 320 x 200, current 1920 x 1080, maximum 1920 x 2048VGA-1 connected primary 1920x1080+0+0 (normal left inverted right x axis y 原创 590阅读 0评论 1点赞 发布博客于 8 月前 AMBER:UBUNTU18.04安装编译AMBER18的过程和遇到的问题与解决 实验室新到了服务器,备有Tesla V100 GPU,并准备未来用于跑分子动力学.记录一下编译AMBER18的整个历程. 原创 1180阅读 0评论 0点赞 发布博客于 9 月前 Ubuntu18.04 设置多版本gcc、g++时所遇到的坑(无法修改版本） 又一次感叹自己的愚蠢为什么要设置多个版本修改程序包版本的方式问题所在解决方式如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入为什么要设置多个版本毫无疑问，在面对各种软件的时候，每种软件因为版本或者本质算法的需要，都会对gcc，g++这类编译器有不同的需求，而我们总不能用 原创 586阅读 1评论 4点赞 发布博客于 9 月前 AMBER:处理不规则残基中遇到的问题 amber对于蛋白中的残基可以进行处理,但是Amber的标准氨基酸残基库不包含含非标准残基的原子类型和电荷. 但它们是任何分子力学模拟都必需的.所以需要单独构建残基文件,推导非标准残基的原子电荷并判定其原子类型至于如何判断蛋白中是否存在非标准残基,除开依据经验对pdb文件进行审查之外.,就是查看导入蛋白之后报的错误了.Loading PDB file: ./5ds3_pre.pdb/public1/soft/amber/18-parallel-new/amber18/bin/teLeap: Warn 原创 554阅读 3评论 1点赞 发布博客于 9 月前 如何使用pubchem的bulk download功能 好像还是有同学不会,就写个教程把puchem的上传分为compound 和assay 那下载同样也就分为这两种连接分别是化合物:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc_fetch/pc_fetch.cgi实验:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/assay/assaydownload.cgi其上传方式都很简单:上传只含AIDHUOZHE... 原创 678阅读 2评论 1点赞 发布博客于 10 月前 AMBER:对单个复合物进行分子动力学模拟的python包(resp计算电荷及gpu加速版本) #!/usr/bin/env python# -*- coding: utf-8 -*-# =============================================================================# 对于单个复合物进行md流程# =======================================================... 原创 398阅读 0评论 1点赞 发布博客于 10 月前 每日营养摄入计算与主要的食物成分表(健身必备) 闲话少说,上代码需要先安装一个包 skiimagepip install scikit-image或者用conda装 conda install scikit-image@author: recherHE@Email:recherHE.@163.COM\"\"\"from skimage import iodef Conversion(work_day): if work_day 1: frequency = 1.2 elif work_d 原创 465阅读 0评论 0点赞 发布博客于 10 月前 AMBER:运行分子动力学中vmd的使用教程 标题转载来源于 san’s note来自于大佬的个人博客 写得很详细.对初学者的我帮助很大本教程旨在向您介绍如何将VMD与AMBER一起使用，介绍如何加载AMBER轨迹文件和inpcrd文件以及如何处理数据。它并非旨在全面涵盖VMD中存在的所有许多功能。一、介绍可视分子动力学（VMD），可从 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 获得，它是一种功能强大且... 转载 2684阅读 0评论 2点赞 发布博客于 1 年前 AMBER:对单个复合物进行分子动力学模拟的python包(cpu并行版本) 最近在试着把md的标准过程写成python包,闲话少说上脚本#!/usr/bin/env python# -*- coding: utf-8 -*-# =============================================================================# 对于单个复合物进行md流程# ========================... 原创 278阅读 0评论 0点赞 发布博客于 1 年前 根据aid批量下载pubchem 实验 import multiprocessing as mpimport pandas as pdfrom tqdm import tqdmimport requestsdef Download(url,file_name): s = requests.Session() for i in tqdm(range(1,10)): try: ... 原创 555阅读 0评论 0点赞 发布博客于 1 年前 #AMBER 分子动力学软件Amber18介绍与基础教程(持续更新) Amber是由多模块所组成的分子动力学软件,其工作流主要如下:其中又分为:1.系统预处理预处理(pdb预处理,LEAP,antechamber和gaff等)2.运行动力学模拟(sander,pmemd等)3.结果分析(mdout_analyzer.py,MMPBSA,cpptraj,FEW等)1.系统预处理: 首先,进行分子动力学模拟我们需要对手中的pdb格式的3D蛋白质,... 原创 3150阅读 2评论 5点赞 发布博客于 1 年前 window 搜索功能太烂怎么办？ 傻瓜软件everything推荐：下载地址：链接：everything提取码：stu0操作页面： 原创 106阅读 0评论 0点赞 发布博客于 1 年前 数学公式公式获取工具 Mathpix snipping Tool 先上下载地址:链接：https://pan.baidu.com/s/1Ac9-f9vdeuLGD-hUburYgg提取码：6e3z使用 ctrl+alt_m 截取公式如图:复制LaTeX然后要用上Typora,下载地址:Typora下载后,打开 按ctrl+shift_m将复制的LaTeX粘贴在两个$$之间可以选择直接复制,或者输出为任意格式都行.报告完毕，over。... 原创 1693阅读 0评论 1点赞 发布博客于 1 年前 从uniprot网站上爬取蛋白质家族信息 逼话少说,上代码import requestsimport pandas as pdfrom bs4 import BeautifulSoupimport timefrom multiprocessing import Pool\"\"\"类说明:从uniprot网站下获取蛋白的家族信息Parameters: 无Returns: 无Modify: 2020-... 原创 864阅读 0评论 0点赞 发布博客于 1 年前 利用蛋白的chembl ID爬取其synonyms 师姐的小要求,安排一下:import requestsfrom multiprocessing import Poolimport jsonimport pandas as pddef get_synonyms(ID): url = \'https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/target/{}.json\'.format(ID) ... 原创 350阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 数据统计并制作韦恩图 接之前算的的inchikey成果,统计并制作韦恩图.import numpy as npimport pandas as pdimport osimport redef cross_info(dose,uni_num): def iter_files(path):#get all file\'s path under one folder file_n... 原创 1481阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 结果数据调整并使用knime计算inchikey 首先我的数据结构是csv格式,columns为化合物id.值为化合物所对应的uniprots:现在想把格式转化为更方便后续处理的格式:上代码:import numpy as npimport pandas as pdimport osimport redef iter_files(path):# get all file_path under one folder f... 原创 368阅读 0评论 1点赞 发布博客于 2 年前 大量的pubchem实验获取化合物smile并归属各个实验. 目标:获取了多个pubchem实验的csv文件,需要获取其中化合物的smile.import pandas as pdimport osimport redef Summary_cid(path,out_path): # cid sumamry and batches to files that each has 500000 cid files = os.listdir(path... 原创 2138阅读 6评论 2点赞 发布博客于 2 年前 获取bingingDB,Pubchem,chembl旗下的拥有uniprot的人蛋白靶点所对应的化合物活性信息,并构建神经网络. chembl因为chembl在这一块很成熟,方便下载,首先爬取了chembl之上的信息.使用到了其官方api :chembl_webresource_client其教程地址为: https://github.com/chembl/chembl_webresource_client有预先处理过含有uniprot和target id的表格 - 路径为path_1和输出文件的路径 out_... 原创 1389阅读 0评论 4点赞 发布博客于 2 年前 [网络爬虫] css selector (beautiful soup) https://piaosanlang.gitbooks.io/spiders/content/02day/section2.4.html 原创 180阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 合并key值相同的字典 d1 = {\'a\':1,\'b\':2,\'c\':3}d2 = {\'a\':4,\'b\':5,\'c\':6}d3 = {\'a\':[1,4],\'b\':[2,5],\'c\':[3,6]}如上 想用d1,d2合成为d3格式.首先想到的是利用dict的update函数,但发现存在如下问题:d1 = {\'a\':1,\'b\':2,\'c\':3}d2 = {\'a\':4,\'b\':5,\'c\':6}d3 ={}d3... 原创 1917阅读 0评论 2点赞 发布博客于 2 年前 pdf转换 COOL MUSTER有大佬已经弄好了破解版,连接贴出来 : https://blog.csdn.net/blegn/article/details/95049392但是还是存在一点小问题,就是转换的格式回比较粗糙:图片和文字无法分开识别,而且转换后清晰度也比较差.Smallpdf这是一个网站,非常好用 :https://smallpdf.com/cn识别非常清晰,而且能识别出图... 原创 169阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 enumerate的用法 一般我们用对一个可迭代对象进行索引,需要加上数字如案例1,我们就需要seq[1]才能得到列表中的two这个项.而在使用了enumerate之后,可以直接输出两项,分别是 index和这个index所对应的项.更方便我们进行后续操作,... 原创 61阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 利用python进行绘图的学习过程(持续更新) matplotlib.pyplot使用matplotlib进行绘图 其所产生的图片有如下图所示的部件对于pyplot模块中的功能，始终有一个“当前”图形和轴（根据要求自动创建）。例如，在下面的例子中，在第一次调用plt.plot创建轴，则后续调用plt.plot在同一坐标添加额外的线，以及 plt.xlabel，plt.ylabel，plt.title和plt.legend设置轴标签和标题... 原创 268阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 爬虫时候的进度条使用 # 最基本的用法import timefrom tqdm import tqdmfor i in tqdm(range(9)): time.sleep(0.1)# 效果如下 100%|██████████| 10/10 [00:01 00:00, 9.79it/s]# trange类似于tqdmimport timefrom tqdm impor... 原创 263阅读 1评论 0点赞 发布博客于 2 年前 split和rsplit的使用 今天学到了 rsplit再也不用傻傻傻的数最后一个是第几个了str_temp = \"aaa.bbb.cc.dd\"ret1,ret2 = str_temp.rsplit(\".\",maxsplit=1)ret3,ret4 = str_temp.split(\".\",maxsplit=1)ret5,ret6,ret7 = str_temp.split(\".\",maxsplit=2)print... 原创 754阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 利用pubchem的 bulk download下载smiles 遇到的会自动删除重复cid的问题发现与解决 今天再利用含cid的文件再pubchem网站获取smiles时发现,网站会自行删除重复cid而只输出一个smile为解决这个问题想了如下办法.1.直接将获取到的txt转为csv与原csv合并:import pandas as pdimport sysdf = pd.read_csv(r\'file\')df_old = pd.read_csv(r\'file_old\')df_out = p... 原创 724阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 利用含PUBCHEM_CID的的csv文件获取assaysummary数据 import pandas as pdimport numpy as npimport osimport sysimport requestsdef download(url,file_name): s = requests.Session() response = s.get(url,stream=True) with open(file_name,\'ab\'... 原创 424阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 利用requests库进行爬虫简介 requests 的基本使用方式其实最常使用的方式也就事 get 和 post 分别用于获取和上传,即用于数据性网站和检索性网站.可用于requests库的 参数header形式为字典,表示所用的User-Agent 如:import requestsurl = \"... 原创 118阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 与PUG-REST不同用于获取所有pubchem数据的PUG-VIEW PUG VIEW是一种PUG REST的特殊使用形式,其输出的内容包含rest中的substance,assay,compound页面所没有的信心,这也正是PUG VIEW的意义所在.PUG VIEW对每条单个的pubchem 记录进行汇总,而不在乎重复性.与PUG REST的已经经过整理了的数据有所不同.其输出格式有:JSON(P), XML, ... 原创 240阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 pubchem的官方API - PUG REST的使用教程(持续更新) 以URL为基础的API分为4个部分input specification--------------------------------------------------------输入 operation specification--------------------------------------------------操作 output specification---... 原创 4043阅读 5评论 2点赞 发布博客于 2 年前 python的基本资源库说明链接 这里是引用|requests库| http://cn.python-requests.org/zh_CN/latest/index.html ||beautifulsoup–|--https://beautifulsoup.readthedocs.io/zh_CN/latest/|| | | 原创 131阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前 python中range()函数的用法 python中range()函数的用法**Python中range()函数的用法1、函数原型：range（start， end， scan)：参数含义：start:计数从start开始。默认是从0开始。例如range（5）等价于range（0， 5）;end:技术到end结束，但不包括end.例如：range（0， 5） 是[0, 1, 2, 3, 4]没有5scan：每次跳跃的间距，... 转载 271阅读 0评论 0点赞 发布博客于 2 年前